La aparición de variantes más infecciosas del virus COVID-19 amenaza con retrasar la recuperación global y potencialmente frustrar la inmunidad de la vacuna actual. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar sobre estas variantes más rápidamente, la Universidad de Oxford y Oracle han creado un Sistema de Análisis Global de Patógenos (GPAS) que combina la Oxford’s Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) con el poder de Oracle Cloud Infrastructure (OCI).
Esta iniciativa se basa en el trabajo de un consorcio financiado por Wellcome Trust que incluye a Public Health Wales, la Universidad de Cardiff y Public Health England.
«Esta nueva poderosa herramienta permitirá a los científicos de salud pública de los centros de investigación, agencias de salud pública, servicios de atención médica y compañías de diagnóstico de todo el mundo para ayudar a comprender mejor las enfermedades infecciosas, comenzando con el coronavirus», dijo Derrick Crook, Professor of Microbiology in the Nuffield Department of Medicine at the University of Oxford.
“El Sistema Global de Análisis de Patógenos ayudará a establecer un estándar global común para reunir y analizar este nuevo virus, así como otras amenazas microbianas para la salud pública. Esto añade una nueva dimensión a nuestra capacidad para procesar datos de patógenos. Estamos entusiasmados de asociarnos con Oracle para promover nuestra investigación utilizando esta plataforma de tecnología de vanguardia».
Utilizado por primera vez para la tuberculosis, SP3 se ha reutilizado para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencia de SARS-CoV-2, produciendo secuencias genómicas anotadas e identificando nuevas variantes y aquellas que preocupan. La capacidad de procesamiento de SP3 se ha mejorado con un nuevo extenso trabajo de desarrollo de Oracle, lo que permite un alto rendimiento y seguridad, además de una disponibilidad mundial 7 por 24 del sistema SP3 en Oracle Cloud.
El sistema SP3 ahora ofrecerá resultados completos y estandarizados de los análisis de COVID-19 a los pocos minutos de su presentación a escala internacional. Los resultados se compartirán con países de todo el mundo en un entorno seguro.
“La oportunidad de aplicar un examen sistemático de variantes genéticas en una variedad de patógenos tendrá importantes beneficios para la salud pública mundial. Este programa, con Oracle como socio, nos acerca un paso más a este objetivo”, dijo Sir John Bell, Regius Professor of Medicine at the University of Oxford.
Junto con las amplias capacidades de aprendizaje automático en Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores de todo el mundo pueden procesar, analizar, visualizar y actuar sobre una amplia colección de datos de patógenos COVID-19 por primera vez. Esto incluye la identificación de variantes de interés y su impacto potencial en la efectividad de la vacuna y el tratamiento. Por ejemplo, los cuadros de mando de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se están propagando más rápidamente que otras y si las características genéticas contribuyen a una mayor transmisibilidad y escape de la vacuna. Oxford ya ha procesado la mitad de las secuencias de SARS-CoV-2 del mundo, más de 500.000 en total.
“Existe una necesidad crítica de cooperación global en la secuenciación genómica y el examen de la COVID-19 y otros patógenos”, dijo Larry Ellison, Oracle Chairman and CTO. «El mejorado sistema SP3 establecerá un estándar mundial para la recopilación y el análisis de datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos comprender mejor el virus COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública».
El siguiente paso será extender este servicio a todos los patógenos y, al mismo tiempo, colaborar con científicos de centros de investigación, agencias de salud pública y compañías privadas para garantizar que la toma de decisiones sobre las estrategias de respuesta a una pandemia mundial esté informada.
La plataforma será gratuita para que los investigadores y las organizaciones sin ánimo de lucro la utilicen en todo el mundo.
Qué dice la comunidad sanitaria
“La plataforma SP3 ha surgido de las actividades de participación, diseño y prueba que se han llevado a cabo durante los últimos años gracias a la estrecha colaboración entre investigadores de la Universidad de Cardiff y la Universidad de Oxford, Public Health England y el Instituto Europeo de Bioinformática, junto con otros stakeholders de la salud pública en Reino Unido. Este nuevo Sistema Global de Análisis de Patógenos permitirá a los científicos colaboradores analizar un conjunto de datos mundiales de distintas formas, proporcionando mejor inteligencia sobre las variantes de virus preocupantes y su potencial de propagación”, dijo el profesor Thomas R Connor, School of Bioscience at Cardiff University.
Dr. Isabel Oliver, Director of the National Infection Service at Public Health England, señaló, “esta donación es un impulso bienvenido a la capacidad de compartir datos de secuenciación genómica con colegas de todo el mundo. No solo son un examen genómico sólido y los datos ampliamente disponibles cruciales para nuestros esfuerzos colectivos para combatir la pandemia actual, sino que tendrán beneficios continuos en la respuesta a otros patógenos de cara al futuro. Esto podría tener un impacto positivo de gran alcance en la salud pública internacional y la seguridad sanitaria mundial. A medida que surgen nuevas variantes de SARS-CoV-2 en todo el mundo, se requiere un esfuerzo global cooperativo para responder con efectividad. Acuerdos como este son absolutamente vitales para garantizar que podamos mitigar el impacto de la COVID-19 en la población mundial y que podamos seguir fortaleciendo nuestra capacidad para afrontar las amenazas emergentes en los próximos años».
El Sistema Global de Análisis de Patógenos se levantará sobre los esfuerzos existentes para estandarizar las soluciones de secuenciación global, incluidos los liderados por el Global Health Security Consortium.
