ELEM Biotech, spin-off biomédica del Barcelona Supercomputing Centre establecida en Barcelona y Bristol, UK, ha confiado en Oracle Cloud Infrastructure High-Performance Computing (HPC) para crear seres humanos virtuales (Virtual Humans) y acelerar el desarrollo y la validación de nuevos tratamientos médicos. ELEM que genera modelos de órganos humanos en 3D a partir de escaneos de pacientes, replica su funcionamiento en superordenadores proporcionando una plataforma virtual de ensayos clínicos prácticamente ilimitada basada en pacientes virtuales.
Usando un modelo de infraestructura como servicio (IaaS) implementado en Oracle Cloud Infrastructure, el usuario, mediante la interfaz biomédica de la plataforma de humanos virtuales Alya Red, configura y ejecuta simulaciones avanzadas y las analiza en detalle. Gracias al motor de simulación y la base de datos en cloud, es posible, por ejemplo, simular enfermedades pulmonares obstructivas o replicar el funcionamiento de marcapasos, reemplazos de válvulas, stents, medicamentos antiarrítmicos, y tratamientos para el asma o bombas de medicamentos.
Alya se desarrolla desde hace 15 años en el Barcelona Supercomputing Center – Centro Nacional de Supercomputación (BSC-CNS) utilizando MareNostrum, uno de los superordenadores más potentes de Europa. Pero para llevar estos desarrollos al mercado, la compañía necesitaba una nueva plataforma para alojar clientes comerciales que quisieran ejecutar Alya Red como una aplicación de software como servicio.
Los recursos públicos de informática de alto rendimiento (High Performance Computing o HPC) ofrecen espacios excepcionales para el desarrollo y la validación de herramientas nuevas de superordenadores, pero no suelen proporcionar la agilidad de servicio, la escalabilidad global, los servicios de ciberseguridad o el acceso requeridos para el despliegue comercial de una plataforma como Alya Red. “Ahí es donde Oracle resuelve el problema con sus instancias HPC globales y su infraestructura en la nube. Gracias a la oferta de HPC de Oracle Startup Ecosystem y Oracle Cloud Infrastructure, ELEM Biotech comercializa una tecnología disruptiva y única para el ecosistema biomédico”, ha comentado el directivo.
Alya Red se está ejecutando en instancias HPC de Oracle Cloud Infrastructure, utilizando hasta 1.000 núcleos. Los resultados son extremadamente prometedores: “estamos viendo la misma escalabilidad en Oracle Cloud Infrastructure HPC que vemos en nuestro cluster dedicado MareNostrum [situado en el BSC], y podemos recuperar los resultados sin tiempo de espera. Vale la pena mencionar que el código, que se ajustó para MareNostrum, se compiló y ejecutó en instancias de Oracle Cloud Infrastructure sin requerir ninguna biblioteca o ajuste adicional, realmente plug&play», explica Mariano Vazquez, CTO de ELEM Biotech.
Desde ELEM Biotech creen que “con Oracle Cloud Infrastructure, Alya Red incluirá progresivamente más sistemas y órganos humanos, todos ellos validados y certificados por agencias reguladoras para su contexto de uso”, aseguran Chris y Mariano.
